Orientada prioritariamente al quehacer educativo, la Fundación posee una organización matricial desagregada en dos niveles de o ámbitos de acción. El primero correspondiente al nivel directivo y el segundo, al nivel operativo. Es así que, a la cabeza de la organización se encuentra el Director Ejecutivo, secundado por cuatro directores de área, cuya responsabilidad en su conjunto, es la gestión integral de la Fundación. En el nivel operativo, en tanto, se encuentran los Directores de los establecimientos educacionales, quienes a su vez responden de la gestión educacional y administrativa de cada uno de ellos, al Director Ejecutivo.
La Fundación es conducida por un Consejo Directivo compuesto de siete miembros, sobre quienes recae su dirección superior y la plenitud de las facultades de administración y disposición de los bienes que posee.
Para los efectos de implementar las políticas y disposiciones del Consejo y llevar a cabo la gestión, la Fundación cuenta con un equipo directivo compuesto por, un Director Ejecutivo, dos Directores de Área y un Coordinador TI. Para el año 2023 este equipo está conformado por:
Director Ejecutivo: Sr. Julio Leiva Molina
Director de Educación: Jorge Torres Santibáñez
Director de Planes y RRHH: Alejandro Campos Calvo
Director de Finanzas: Enrique Hidalgo Reyes
Coordinador TI: Nicolás Cabello Vargas
Aspiramos ser una Fundación líder en la educación y en la formación marítima técnico - profesional de acuerdo a los intereses propios de cada Región , logrando un aprendizaje integral en los alumnos mediante la gestión del conocimiento