Orientada prioritariamente al quehacer educativo, la Fundación posee una organización matricial desagregada en dos niveles de o ámbitos de acción. El primero correspondiente al nivel directivo y el segundo, al nivel operativo. Es así que, a la cabeza de la organización se encuentra el Director Ejecutivo, secundado por cuatro directores de área, cuya responsabilidad en su conjunto, es la gestión integral de la Fundación. En el nivel operativo, en tanto, se encuentran los Directores de los establecimientos educacionales, quienes a su vez responden de la gestión educacional y administrativa de cada uno de ellos, al Director Ejecutivo.
La Fundación es conducida por un Consejo Directivo compuesto de siete miembros, sobre quienes recae su dirección superior y la plenitud de las facultades de administración y disposición de los bienes que posee.
Para los efectos de implementar las políticas y disposiciones del Consejo y llevar a cabo la gestión, la Fundación cuenta con un equipo directivo compuesto por, un Director Ejecutivo, Director de Planes e Infraestructura, Jefe de Finanzas y un Coordinador TI. Para el año 2025 este equipo está conformado por:
Director Ejecutivo: Sr. Pablo Lubascher Correa
Director de Planes y RRHH: Alejandro Campos Calvo
Jefe de Finanzas: Enrique Hidalgo Reyes
Coordinador TI: Nicolás Cabello Vargas